1. 개요
지난 2026. 5. 14.(목) 국세청은 KOTRA 및 주요 외국 상공회의소와 합동 간담회를 개최하였습니다. 이번 합동 간담회는 글로벌 기업들이 한국에서 안정적으로 사업을 운영함은 물론 단순한 자본 유입을 넘어 대한민국의 미래 성장을 위한 동력으로 자리 잡을 수 있도록 실질적인 세정 지원 방안을 제시함으로써 대한민국의 투자 매력도를 높이는 것을 목적으로 진행되었습니다.
이날 제시된 구체적인 세정 지원 방안 중 주목할 것은 APA의 신속한 처리를 위한 진행 절차 간소화 제도(fast-track)를 도입하겠다는 내용입니다. 이는 APA의 갱신(Renewal) 신청이나 위험도가 낮은 단순한 거래(Low-risk/Routine transactions)에 대해서는 심사 절차를 대폭 간소화하는 fast-track 프로세스의 도입에 대한 OECD의 권고를 한국에서 받아들이는 취지입니다.
2. APA의 필요성과 현황
여러 국가에 계열회사를 두고 글로벌 사업을 영위하는 다국적 기업 그룹(MNE Group)에게 있어 어느 한 소재국에서의 과세는 그룹 단위에서 다른 소재국과의 이중 과세를 야기할 수 있습니다. 이중 과세는 다국적 기업 그룹의 경영 안정성 및 예측 가능성에 큰 영향을 미치며, 일단 과세가 이루어지면 관련 당사국 간에 이중 과세를 해소하는 데 많은 비용과 시간이 소요됩니다. 이러한 이중 과세의 발생 가능성을 사전에 방지하기 위한 제도로서 APA가 우리나라에 1996년 도입되었으며, 해당 제도에 따라, 납세자는 국외 특수관계인과의 거래에서 적용할 정상가격 산출 방법 및 정상가격 범위에 대하여 과세당국과 사전에 서로 합의할 수 있습니다.
한국 국세청은 1997년 5월 미국과 최초로 APA를 체결한 이후 2024년 말까지 1,047건의 APA를 신청받아 그중 809건을 종결 처리하였으며, 2024년만을 살펴보면 77건의 APA가 접수되어 56건이 종결되는 등 APA 제도를 매우 활발하게 운영하고 있습니다. APA는 우리나라 국세청과만 협의하는 ‘일방 APA’와 국제 거래에 관련된 양 당사국의 과세관청과 동시에 협의하는 ‘쌍방 APA’로 나누어 볼 수 있는데, 2024년까지 처리된 APA 809건 중 일방 APA가 230건, 쌍방 APA가 579건으로서 쌍방 APA가 더 많이 활용되고 있음을 볼 수 있습니다.
3. APA 진행 절차 간소화 제도의 필요성
통상적으로는 일방 APA에 비해 쌍방 APA가 양국 절차의 준수, 국가 간 이해관계의 충돌 등을 이유로 더 오랜 기간이 소요됩니다. 한국 국세청이 최근 5개년 동안 각 연도에 처리한 쌍방 APA의 평균 처리 기간을 보면 2020년 35개월, 2021년 31개월, 2022년 29개월, 2023년 27개월로 감소 추세에 있다가 2024년에는 35개월로 다시 늘어난 바 있습니다. 이는 쌍방 APA의 개시일로부터 종결일까지의 기간으로서 사전 상담(Pre-filing meeting) 등에 소요된 기간은 제외된 것이므로, 납세자가 체감하는 처리 기간은 보다 장기간일 수 있습니다.
한편, OECD는 2016년 BEPS Action 14(분쟁 해결의 실효성 제고)를 통해 쌍방 APA를 포함한 상호 합의(Mutual Agreement Procedure, MAP)의 상호 검토(Peer review)를 시작하였고, 2023년 포괄적 이행 체계(Inclusive Framework)에서 실질적인 통계를 수집하고 상호 모니터링을 하는 등 OECD 차원에서 APA의 처리 기간을 단축하려는 노력이 이루어져 왔습니다. 다만, 점차 증가하는 APA 신청 건수와 복잡해진 거래 구조 등 사유로 인해 APA 처리 기간을 단축하는 것은 쉽지 않았습니다.
이번 간담회에서 신속한 이중 과세 부담을 해결하기 위한 방안으로 제시된 APA 진행 절차 간소화, 즉, APA fast-track은 기존에 승인된 바 있는 APA를 갱신하는 신청 건 중 기존 APA와 거래 구조 및 기능이 유사한 경우 등 일정 요건을 충족하는 경우 APA fast-track 적용 여부를 판단하여 상대 국가와의 협의를 통해 우선 처리 대상으로 선정하는 방안입니다. 이는 APA 갱신 신청 건에 대해서도 신규로 접수된 건과 동일하게 APA의 신청 내용을 원점부터 재검토하던 방식을 대폭 간소화한 것으로, 제도가 안착되는 경우 APA 승인 이력이 있는 납세자들이 APA를 갱신하여 승인받기 위해 소요되는 시간을 크게 단축할 수 있을 것으로 기대됩니다.
4. APA Fast-Track의 적용 대상 등 세부 내용
APA fast-track을 적용받기 위해서는 APA 갱신 신청 건으로서 아래의 요건을 모두 충족해야 하며, 2026. 5. 14. 이후 사전 상담을 신청하는 건부터 적용됩니다.
① 기존에 승인된 APA 적용 대상 기간 만료일로부터 6개월 이내에 신청할 것
② 기존 APA와 거래 구조 · 기능 · 위험이 동일하고 특수관계인 거래 비중이 유사할 것
③ 갱신 APA에서 신청하는 정상가격 범위가 과세당국 간의 기존 합의한 범위와 유사할 것
구체적으로 납세자는 상기의 요건을 모두 충족하는 상태에서 APA 갱신 신청에 대한 사전 상담 자료를 제출해야 하며, 해당 사전 상담 자료에 대한 서면 심사 후 3개월 내에 APA fast-track 적용 여부를 판단하게 됩니다. APA fast-track 적용 대상으로 판단받게 되면 국세청은 상대방 국가와 협의하여 우선 처리 대상으로 선정되게 되는데, 보통 상대방 국가와의 상호 합의가 1년에 한두 차례 진행되며 회의 기간이 일주일 이내로 길지 않아 논의 대상 건수가 제한적입니다. 이에 따라 예정된 상호 합의에서 논의 안건으로 지정되는지 여부가 매우 중요하며, APA fast-track 적용 대상으로 판단되어 우선 처리 대상으로 선정되는 경우 가까운 상호 합의에서 논의될 가능성이 매우 높아지므로 큰 의미가 있습니다.
한편 3개월의 서면 심사 기간이 시작되는 기산일은 국세청에서 요청하는 자료로서 사전 상담 자료 제출 시 포함되어야 하는 자료가 모두 제출된 시점으로부터 시작되며, 일반적으로 납세자는 해당 자료를 모두 담아 하나의 설명 자료 형식으로 사전 상담 자료를 제출하게 됩니다. 이때 국세청이 요청하는 자료의 항목이 약 20가지에 달하므로 자료의 미비로 인해 서면 심사의 개시가 지연되지 않도록 철저한 준비가 필요합니다.
5. APA Fast-Track 제도 안착을 위한 고려 사항
APA fast-track 제도의 도입 취지는 APA 처리 기간을 단축함으로써 납세자가 이에 따른 시간과 비용을 절감하도록 하는 데 그치지 않고, 처리 기간 단축을 통해 APA를 효율적으로 운영함으로써 대한민국의 세정 및 투자 환경에 대한 국제 사회의 인식을 제고하여 매력적이고 지속 가능한 투자처로서 자리매김하는 데 있습니다. 아직 구체적인 제도 운영 방법과 규정 등이 나오지 않은 초기 단계이지만 제도 안착을 위해서는 다음의 사항들이 고려되어야 할 것으로 생각됩니다.
1) 서면 심사 개시 시점을 확인하는 절차 구비 필요
APA fast-track 적용 여부는 국세청이 요청하는 자료가 모두 포함된 사전 상담 자료를 제출한 후 그에 대한 서면 심사를 거쳐 3개월 내에 판단됩니다. 실무상 사전 상담 자료를 제출한 후 보완 요청이 이루어지는 경우가 많으므로 서면 심사 개시 시점은 해당 보완 자료까지 모두 제출된 시점이 될 것으로 예상됩니다. 다만, 사전 상담 자료는 보통 이메일을 통해 제출되며 APA 신청서와 같이 접수증 또는 접수 일자를 받지는 않으므로 별도의 절차가 없다면 납세자는 최종 사전 상담 자료의 이메일 전송 시점을 기준으로 3개월을 예측해야 하는 문제가 있습니다. 따라서 요청 자료가 모두 포함된 사전 상담 자료를 제출받았으며 3개월의 기간이 기산된다는 공문 또는 접수증의 발급을 통해 납세자의 예측 가능성을 제고할 수 있도록 하는 것이 필요하다고 보입니다.
2) 사전 상담 회의, APA 신청서 접수 여부 결정에 대한 지침 필요
통상적인 경우에는 납세자가 사전 상담 자료를 제출한 후에 사전 상담 회의를 진행하고, 해당 회의에 따라 본 APA 신청서 접수 여부가 결정됩니다. APA fast-track의 경우 서면 심사 후 3개월 내 APA fast-track 적용 여부를 판단하도록 되어 있고, 사전 상담 회의나 APA 신청서 접수 여부 결정에 대한 지침은 현재로서는 없다고 보입니다. 이에 관해서도 보다 명확한 운영 지침이 필요합니다.
3) 적용 대상 판단 기준의 구체화 필요
APA fast-track의 적용 대상에 해당하기 위해서는 거래 구조 및 기능 위험의 동일성, 특관자 거래 비중과 정상가격 범위의 유사성이 인정되어야 합니다. 이러한 요건에 대한 구체적인 추가 지침이 없다면, 심사 담당자의 주관적인 판단에 따라 결과가 달라질 가능성이 있습니다. 제도의 실효성을 위해서는 적용 대상 판단 기준을 보다 구체화 · 시스템화할 필요가 있습니다.
4) 우선 처리 대상으로 선정하기 위한 상대방 국가들과의 공조 강화 필요
한국 국세청의 서면 심사를 거쳐 APA fast-track 적용 대상으로 판단된 이후에도 상대방 국가와의 협의 결과에 따라 최종 목표인 우선 처리 대상 선정 여부가 결정되므로 여전히 불확실성이 존재합니다. APA fast-track 제도가 실질적으로 효과가 있기 위해서는 APA 승인 이력이 일정 건수 이상 존재하는 주요 국가들과의 사전 공조가 필요합니다. 특히, 서면 심사 후 3개월 내 APA fast-track 적용 여부가 판단되면 그 판단 시점으로부터 일정 기간 내에 상대방 국가와의 우선 처리 대상 여부 선정 협의를 시작한다는 내용, 특별하고 중대한 결격 사유가 아니라면 우선 처리 대상으로 선정해야 한다는 주요 국가들과의 합의 등 상호 간의 공조를 강화할 필요가 있습니다.
6. 시사점
APA fast-track은 이중 과세 부담을 신속하게 해결하여 투자처로서 우리나라의 매력을 높이고, OECD의 국제 표준을 국내에 도입하려는 노력으로 볼 수 있고, 글로벌 기업들의 고충을 상당 부분 해소할 수 있을 것으로 기대됩니다. 특히, 미국과 일본 거래 상대방과의 국제 거래에 관하여 이미 여러 차례 APA를 갱신하여 온 회사들에게는 큰 도움이 될 것으로 보이고, 그렇지 않은 경우에도 최초 APA 타결의 중요성이 더욱 높아질 것으로 예상됩니다. 다만, 앞서 살펴본 고려 사항들을 포함한 제도 개선과 이제 막 APA의 문을 열기 시작한 동남아 국가들과의 APA fast-track 공조는 향후 과제로 남아있습니다. 대한민국에 APA가 도입된 1996년 이후 30년간 운영되어 온 APA가 APA fast-track의 도입으로 어떤 전환점을 맞이하게 될지 지켜볼 필요가 있습니다.
법무법인(유) 광장 조세그룹은 이전가격, 상호 합의 절차 및 APA 등의 국제 조세 실무 경험이 풍부한 전문가들이 포진하고 있습니다. 앞으로 APA와 관련하여 도움이 필요하신 경우 언제든지 법무법인(유) 광장 조세그룹으로 연락해 주십시오.
[이하 각주]
1) 미국(AMCHAM), 유럽(ECCK), 독일(KGCCI), 프랑스(FKCCI), 영국(BCCK), 일본(SJC), 중국(CCCK), 호주(AustCham)