9월 15일부터 시행: 자료 미제출 시 ‘이행강제금’ 부과
세무조사 과정 중 납세자의 정당한 사유 없는 자료 제출 의무 위반에 대해 이행강제금을 부과할 수 있도록 하는 국세기본법의 신설 규정이 2025.9.15. 이후 시작된 세무조사부터 시행, 적용됩니다(신설 이행강제금 규정). 이번 뉴스레터에서는 신설 이행강제금 규정의 핵심 내용과 특징, 향후 주목해야 할 사항들을 안내해 드립니다.

세법 개정안에는 없던 규정, 국정감사 후 도입

통상적으로 세법 개정은 매년 7월경에 발표되는 세법 개정안을 바탕으로 12월경 법률 개정이 이루어지며, 이후 차년도 2월부터 3월 사이에 관련 시행령과 시행규칙이 개정되는 순서로 진행됩니다. 2024년 7월에 발표된 세법 개정안에는 신설 이행강제금 규정이 포함되어 있지 않았으나, 2024년 10월 국정감사에서 다국적 기업 세무조사 시 기존 과태료 규정만으로는 적정한 과세자료 확보가 어렵다는 의견이 제시되면서 세법 개정안과 별도로 2025년 2월 27일 국세기본법 개정을 통해 신설 이행강제금 규정이 도입되었습니다. 그리고 이행강제금의 부과와 징수 등에 관한 사항을 규정한 국세기본법 시행령이 2025년 6월 2일에 공포되었습니다.

과태료와 달리, 반복 부과 가능하고 한도 없어
신설 이행강제금 규정이 시행되는 2025년 9월 15일 이후 시작되는 세무조사부터, 관할 지방국세청장은 납세자가 세무조사 과정에서 세법상 요청받은 장부나 서류 등의 자료(요청 자료)를 정당한 사유 없이 제출하지 않는 경우, 이행강제심의위원회의 심의를 거쳐 이행강제금을 부과할 수 있습니다. 관할 지방국세청장은 이행강제금을 부과하기 전에 요청 자료 제출에 필요한 상당한 이행 기간(통지일로부터 30일 이상)을 부여해야 하며, 이행 기한의 다음 날부터 30일이 지난 후에도 요청 자료를 제출하지 않는 경우 이행 기한의 다음 날부터 기산하여 매 30일마다 이행강제금을 부과할 수 있습니다.

이행강제금 부과 금액은 아래 [표]에 따른 1일당 부과 금액에 이행강제금의 부과 기간을 곱하여 산정합니다.

[표] 이행강제금부과기준

1일 평균수입금액	부과비율	1일당 부과금액
15억원 이하	1/500	1일 평균 수입금액 X 1/500
15억원 초과 30억원 이하	1/750	300만원+(1일 평균 수입금액 중 15억원을 초과하는 금액 X 1/750)
30억원 초과	1/1,000	500만원+(1일 평균 수입금액 중 30억원을 초과하는 금액 X 1/1,000)

1일 평균 수입금액 = 직전 3개 과세기간의 총수입금액 합계액 / 일수. 사업 개시 이후 3년 미만인 경우에는 직전 과세기간까지를 대상으로 하고, 개인인 경우 사업소득에 대한 총수입금액만을 대상으로 함. 평균 수입금액의 산정이 곤란한 경우에는 1일당 500만 원의 범위에서 정함.

이행강제금의 부과 기간은 이행 기한의 다음 날부터 납세자가 요청 자료를 전부 제출한 날(납세자가 요청 자료를 전부 제출하기 전에 세무조사가 종료되는 경우에는 세무조사가 종료된 날)의 전날까지이며, 세무조사가 중지된 경우 그 중지 기간은 이행강제금 부과 기간에서 제외됩니다. 즉, 요청 자료가 전부 제출되거나 세무조사가 종료되기 전까지는 이행강제금이 계속 누적하여 부과될 수 있습니다. 다만, 동일한 사유에 대하여 이행강제금과 과태료를 중복하여 부과할 수는 없습니다.

이러한 신설 이행강제금 규정은 부과 한도가 없다는 점이, 기존의 자료 미제출을 이유로 한 과태료 규정이 5천만 원의 한도를 두고 있었던 것과 다릅니다. 또한, 기존의 과태료는 법원 판례에 따라 동일 세무조사에서 한 번만 부과할 수 있었으나, 신설된 이행강제금은 매 30일마다 반복하여 부과할 수 있도록 되어 있습니다. 한편, 신설 이행강제금 규정은 이행강제금심의위원회 심의를 거쳐 부과된다는 점, 행정소송을 통해 불복해야 한다는 점에서도 기존 과태료 규정과 차이가 있습니다. 이에 대해 항을 바꾸어 말씀드리겠습니다.

심의위원회를 통해 감경 가능하나, 의견 진술권 보장 불분명
이행강제금은 이행강제금심의위원회의 심의를 거쳐 부과할 수 있습니다. 그리고 관할 지방국세청장은 요청 자료의 제출을 위한 노력의 정도와 미제출 사유 등을 고려하여 이행강제금심의위원회의 심의를 거쳐 이행강제금 부과 금액을 2분의 1 범위에서 감경하거나 면제할 수 있습니다.

이행강제금심의위원회는 지방국세청에 설치되고, 지방국세청장이 위원장이 됩니다. 위원은 (i) 지방국세청 소속 공무원 중에서 지방국세청장이 지명하는 사람(6명 이내)과 (ii) 지방국세청장에 의해 위촉되는 외부 전문가(13명 이내, 이하 ‘외부위원’)으로 구성됩니다. 위원장은 회의마다 6명의 위원(외부위원 4명 이상 필수)을 지정해서 이행강제금심의위원회의 회의를 소집합니다.

납세자에게 이행강제금심의위원회에서 의견을 진술할 기회가 부여되는지 여부에 대해서는 아직 명시적인 입법이 없는 것으로 보입니다. 다만, 세무조사 과정에서 개최되는 다른 위원회(예를 들어, 과세전적부심사위원회, 이전가격심의위원회)에서는 납세자의 의견 진술 기회가 보장된다는 점에서, 후속 입법을 통해 납세자의 의견 진술권이 부여될지 살펴볼 필요가 있습니다.

과태료와 달리, 불복하려면 행정소송 거쳐야
과태료 부과에 불복하기 위해서는 납세자가 과세관청에 서면으로 이의 제기를 하여야 하고, 이에 따라 과태료 부과처분은 그 효력을 상실합니다. 또한 이의 제기에 따라 진행되는 과태료 재판에서 법원의 결정이 확정될 때까지 과태료를 납부할 필요가 없습니다. 이와 달리, 이행강제금 부과처분에 대해 불복하기 위해서는 행정소송을 통해 다투어야 하며, 불복 여부가 이행강제금 부과처분의 효력에 영향을 미치지 않습니다. 따라서 통상적으로는 이행강제금을 납부한 후 다투어야 할 것으로 보입니다(과세처분 취소소송을 제기할 때 과세처분 금액을 납부하고 다투는 것과 유사함).

자료 제출 요청의 범위 및 한계 불명확
세무조사 시 세무조사 공무원(조사공무원)의 자료 제출 요구는 세법에서 규정하고 있는 조사공무원의 질문·검사권 및 납세자의 협력 의무에 근거하고 있습니다. 그러나 세법에서는 장부, 서류 및 그 밖의 물건에 대하여 제출을 명할 수 있다고 규정하고 있을 뿐, 그 구체적 범위 및 한계를 정하고 있지 않으며, 세무조사 현장에서 조사공무원이 광범위한 자료 제출을 요청하는 경우가 있습니다. 조사공무원은 과세표준과 세액을 확정할 수 있는 권한의 범위 내에서 관련 자료만을 요청하는 것이 바람직하나, 회계장부 외에도 납세자의 내부 감사 기록 등 내부 문서에 대한 제출을 요청하는 경우가 발생하기도 합니다. 특히, 다국적 기업의 한국 자회사에 대한 세무조사에 있어서는 자회사가 보유하지 않은 본사의 회계자료나 영업상 비밀에 속하는 계약서까지 제출할 것을 요청하는 경우가 있어 납세자와 과세관청 간 갈등이 발생하기도 합니다.

신설 이행강제금 규정하에서는 “정당한 사유 없이” 제출 의무를 이행하지 않은 경우에 이행강제금을 부과할 수 있다고 정해져 있는데, 이때 정당한 사유가 무엇인지에 대한 구체적인 설명은 없습니다. 따라서 납세자로서는 이행강제금이 어떤 경우에 부과될지 예측하기 어렵고, 자의적 부과 위험도 완전히 배제할 수 없어 보입니다.

이러한 점을 고려하여, 향후 이행강제금 제도가 시행되는 경우 “정당한 사유”의 인정 기준과 납세자가 제출한 자료가 충분하다고 인정되는 경우에 대한 지침을 마련하고, 납세자가 제출하지 못하는 자료의 유형 및 상황에 대한 법원의 판단 등을 토대로 세무조사에 차질이 있을 정도로 중요한 자료를 고의로 제출하지 않는 경우에 한하여 이행강제금이 부과되는 방향으로 제도가 다듬어져야 할 필요가 있습니다.

세무조사 앞둔 기업, 자료 준비 전략 미리 세워야
이상과 같이, 신설 이행강제금 규정은 2025년 9월 15일부터 시행되면서 세부적인 내용이 보완·정비될 것으로 전망됩니다. 특히 국세기본법 시행령에서 이행강제금의 부과와 징수에 관하여 필요한 사항들을 국세청장 고시에 위임하고 있어, 향후 해당 고시의 구체적인 내용과 실제 이행강제금 부과 사례 및 이에 대한 불복 절차가 어떻게 전개되는지를 면밀히 살펴볼 필요가 있습니다.

또한, 가까운 시일 내에 세무조사를 받을 것으로 예상된다면, 사전 세무 진단을 통해 전반적인 세무 리스크를 점검함은 물론 제출 가능한 자료와 불가능한 자료의 구분, 제출이 가능하다면 어느 정도의 실질적인 준비 기간이 필요한지 등을 미리 검토하고 신설 이행강제금 규정에 효율적으로 대응할 수 있을 것입니다. 특히, 다국적 기업은 한국 자회사가 세법상 비치 의무가 없는 서류, 보유·관리하고 있지 않은 외국 관계 회사의 자료, 수집·정리에 장기간이 소요되는 자료 등에 대해 신설 이행강제금이 부과될 수 있는지 여부를 사전 검토하고 대응 전략을 마련하는 것이 중요합니다.