2025년 시행 개정세법 주요 내용

기획재정부는 2025.1.11. 「2025년 시행 개정 세법」을 확정·발표하였습니다. 이번 개정 세법은 기업 경쟁력을 제고하고 자본시장을 활성화하여 경제의 역동적 성장을 도모하는 한편, 세 부담의 적정화와 조세 제도의 효율화를 통해 합리적인 조세 체계를 구축하는 것을 기본 방향으로 하고 있습니다. 이번 개정 세법의 주요 내용은 다음과 같습니다.

1. 해운기업 법인세 과세표준 특례 [톤세, tonnage taxation] 일몰 기한 연장 및 톤세율 상향 조정 (조세특례제한법 제104조의10 제1, 8항, 동법 시행령 제104조의7 제4항)  
    해운산업의 국제 경쟁력 강화를 위해 해운기업의 법인세 과세표준 특례(톤세)의 적용 기한을 2029.12.31.까지 5년 연장하였습니다. 다만, 물가 및 운임료 상승 등을 고려하여, 톤세율(=톤당 1운항일 이익)을 기존보다 30% 인상하기로 하였으며, 국적선박의 확충을 유도하기 위해 기준선박*은 종전 톤세율을 그대로 유지하기로 하였습니다. 이 개정 규정은 2025.1.1. 이후 개시하는 사업 연도분부터 적용됩니다.

    * 기준선박 = 해당 기업이 소유한 선박, 국적취득조건부 나용선계약 또는 소유권 이전 연불조건부로 임차한 선박을 의미합니다.

2. 금융투자소득세 폐지 (소득세법 제2장의2, 조세특례제한법 제14조)  
    국내 투자자 보호와 자본시장 발전을 위해 2025.1.1. 시행 예정이었던 금융투자소득세(금융투자상품소득 합산 과세) 도입을 폐지하고, 현행 주식 등 양도소득세 체계를 유지하기로 했습니다.  

3. 부동산투자회사의 배당 가능 이익 범위 합리화 (법인세법 시행령 제86조의3 제1항)  
    부동산투자회사법상 부동산투자회사와 자본시장법상 부동산펀드 간의 과세 형평을 제고하고 부동산 간접투자를 활성화하기 위해, 법인세법 제51조의2에 따른 ‘배당소득공제’ 규정 적용 시 ‘부동산투자회사가 보유한 부동산 등 자산의 평가손익을 배당가능이익에서 제외’하는 것으로 세법을 개정했습니다. 이 개정 규정은 개정 법인세법 시행령 시행일 이후 신고하는 분부터 적용됩니다.  

4. 소득대비 과다 지급 이자 손금불산입 기준 합리화 (국제조세조정에 관한 법률 시행령 제54조 및 제55조)  
    국제조세조정에 관한 법률 제24조의 ‘소득대비 과다 지급 이자의 손금불산입’ 규정은 한국표준산업분류에 따른 금융·보험업을 영위하는 법인에게는 적용되지 않습니다. 지주회사의 경우 한국표준산업분류상 ‘금융업’을 영위하는 것으로 분류되어 개정 전 세법의 해석상 지주회사에 해당하는 법인은 금융지주회사와 일반지주회사를 구분하지 않고 모두 ‘소득대비 과다 지급 이자 손금불산입’ 규정을 적용받지 않았습니다. 그러나 공정거래법상 일반지주회사의 경우 ‘금융·보험업을 영위하지 않는 회사’로 규정되어 있는 점과 지주회사 역할을 수행하는 법인을 이용한 국제적인 조세 회피 행위를 방지할 필요가 있다는 점을 감안하여, 개정 세법에서는 금융지주회사가 아닌 일반지주회사에 대해서는 ‘소득대비 과다 지급 이자 손금불산입’ 규정을 적용하기로 했습니다. 이 개정 규정은 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 발생하는 이자 및 할인료부터 적용합니다.

5. 거주자 판정 기준 보완 (소득세법 제5조 제3항 내지 제5항, 동법 시행령 제4조 제2항, 제3항, 동법 시행규칙 제2조 제1항, 제2항)  
    개정 전 소득세법상 ‘거주자’는 ① 국내에 주소를 둔 개인 또는 ② 1 과세기간 중 183일 이상의 거소를 둔 개인을 의미하였으나, 개정 소득세법에서는 ③ 직전 과세기간부터 계속하여 183일 이상 국내에 거소를 둔 개인을 포함하도록 하여 거주자 범위를 일부 확대하였습니다. 이 개정 규정은 2026.1.1. 이후 개시하는 과세기간 분부터 적용하며, 거주기간의 계산은 법인세법 시행령 시행일이 속하는 과세기간부터 적용합니다.  

6. 암호화자산 정보 교환체계 이행 근거 마련 (국제조세조정에 관한 법률 제36 내지 제38조)  
    개정 세법은 OECD 암호화자산 자동 정보 교환 제도(Crypto Asset Reporting Framework, CARF)의 이행을 위한 국내 법률 근거를 마련하고, 보고 대상 암호화자산의 범위 및 보고 대상 거래 등을 규정하였습니다. 이에 따라, 금융회사에게 적용되는 해외 금융계좌 자동 정보 교환 제도(FATCA, CRS)와 유사한 성격의 자동 정보 교환 제도가 암호화자산 사업자에게 적용됩니다. 이 개정 규정은 2026.1.1. 이후부터 적용되며, 규제 대상이 되는 암호화자산 사업자는 기획재정부 장관이 고시하게 됩니다.  

7. 비거주자·외국법인의 국채 등 비과세 제도 합리화  
    국외 투자기구를 통해 국채 등에 투자하는 경우 하위 투자자 정보를 일일이 파악하기 어려운 점을 고려하여, 투자자 편의를 제고하고 투자 수요를 확대하기 위해 실질 귀속자 입증 부담을 완화하고 신청 절차를 간소화하였습니다.

        ① 국외투자기구의 비과세 신청 절차 및 원천징수 절차 간소화 (소득세법 제119조의3, 소득세법 시행령 제179조의4, 법인세법 제93조의3, 법인세법 시행령 제132조의4)
             국외투자기구를 통해 국채 등에 투자하는 경우 해당 국외투자기구를 국채 등 이자·양도소득의 실질귀속자로 간주하여, 하위 투자자 확인 절차 없이 바로 비과세를 적용하고, 국외투자기구의 하위 투자자 중 거주자나 내국법인이 있을 경우 원천징수 없이 이들이 직접 신고·납부할 수 있도록 하였습니다. 또한, 비과세 신청 시 사모 국외투자기구도 공모 국외투자기구와 동일한 절차를 적용하도록 하였으며, 국채 등에 투자한 국외투자기구에게 이자소득 등을 지급할 때 원천징수 의무를 면제하는 대상을 기존 국외 공모펀드에서 국외 사모펀드까지 확대하였습니다. 이 개정 규정은 2025.1.1. 이후 지급하는 분부터 적용됩니다.  

        ② 외국인 투자자 납세 편의 제고를 위한 경정청구 절차 신설 (소득세법 제119조의3 제6항, 제7항, 소득세법 시행령 제179조의4 제7항, 제8항, 법인세법 제93조의3 제6항, 제7항, 법인세법 시행령 제132조의4 제7항, 제8항 신설)  
             비거주자, 외국법인의 국채 등 이자, 양도소득 비과세와 관련하여, 원천징수 의무자뿐만 아니라, 당해 비거주자 및 외국법인도 직접 경정청구를 할 수 있도록 하였습니다. 이 개정 규정은 2025.1.1. 이후 경정청구하는 분부터 적용됩니다.

8. 해외금융계좌 신고제도의 합리화 (국제조세조정에 관한 법률 제54조)  
    해외금융계좌 신고 의무 부담을 완화하기 위해, 해외금융계좌 신고 의무 면제 대상에 ① 소송·상호합의 등 결과로 조세조약에 따라 체약 상대국 거주자로 인정된 거주자와 ② 과세당국에 제출된 해외 신탁 명세로 해외금융계좌가 확인된 거주자 및 내국법인을 포함하였습니다. 이 개정 규정은 2025.1.1. 이후 신고 의무가 발생하는 분부터 적용됩니다.  

9. 국내원천 인적용역소득에 대한 비과세･면제 신청서 및 지급명세서 제출 의무화 (소득세법 제156조의2, 소득세법 시행령 제216조의2, 법인세법 제98조의4, 법인세법 시행령 제162조의2)  
    국내 원천소득에 대한 세원 관리를 강화하기 위해, 국내 원천소득 중 인적용역소득에 대해서도 비과세·면제 신청을 의무화하고, 인적용역소득 지급 시 지급명세서를 의무적으로 제출하도록 하였습니다. 이 개정 규정은 2026.1.1. 이후 지급하는 분부터 적용됩니다.  

10. 정상가격 조정에 따른 경정청구 합리화 (국제조세조정에 관한 법률 제6조)  
    국제 거래에 대한 적정 과세 기반을 마련하기 위하여, 정상가격 조정에 따른 경정청구 시 제출 필수 자료에 정상가격 입증서류를 포함하고, 경정청구 처리 기한을 ‘청구일로부터 2개월’에서 ‘6개월’로 연장하였습니다. 이 개정 규정은 2025.1.1. 이후 경정청구하는 분부터 적용됩니다.  

11. 증여 의제가 적용되는 특정법인에 외국법인 추가 (상속세 및 증여세법 시행령 제34조의3)  
    지배주주와 그 친족의 직·간접 주식 보유 비율이 30% 이상인 법인(=특정법인)이 지배주주의 특수관계인과 거래하여 이익을 얻은 경우, 특정법인의 지배주주 등이 증여받은 것으로 의제하는데, 동 규정의 적용 대상이 종전에는 ‘내국법인’에 한정되었으나, 이번 세법 개정으로 ‘내국법인 및 외국법인’으로 확대되었습니다.


2024.7.25. 발표된 「2024년 세법 개정안」에 포함된 내용 중 ‘최대주주 보유 주식 할증 평가 폐지’, ‘주주 환원 촉진 세제 신설’, ‘상속·증여세 부담 완화를 위한 세율 하향 및 구간 조정’, ‘특정 법인과의 거래를 통한 증여 의제 범위 확대’ 등은 개정 세법에 포함되지 않았습니다.  


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